Die Burg Scharnstein wurde um die Mitte des 12. Jahrhunderts von den Grafen von Rebgau erbaut, die zu dieser Zeit Besitzungen im Almtal, aber auch in der Gegend an der Ager, am Traunsee und um Vöcklabruck hatten. Nach ihrem Aussterben fiel die Herrschaft Scharnstein an die Babenberger, die Markgrafen von Österreich. Sie vergaben die Herrschaft als Lehen an Gefolgsleute. So erscheint im Jahr 1204 in einer Schenkungsurkunde ein „Heinrich von Scharnstein“ auf, dies bedeutete die erste urkundliche Nennung des Namens Scharnstein. Auf die Babenberger folgten die Pollheimer und dann die Walseer als Herren der Herrschaft Scharnstein.
1492 kauft Christoph Jörger zu Reut die Herrscchaft, die er aber schon 1499 an dem Habsburger Kaiser Maximilian I. verkaufte. Scharnstein war 85 Jahre lang im Besitz der Habsburger. Die Habsburger verwalteten die Herrschaft jedoch nicht selbst, sondern vergaben sie als Pfandschaft. So erhielt im Jahre 1534 Johann Fernberger, Besitzer der Herrschaft Eggenberg, die Pfandschaft von Scharnstein. Er begann mit dem Bau eines Verwaltungsgebäudes auf der Schafferleiten, dem späteren Schloss Scharnstein, während er die Burg mehr und mehr vernachlässigte. Im Jahr 1538 vernichtete ein verheerender Brand große Teile der Burg. „Weil ein Schornstein nicht gekehrt wurde…“ Wie eine Untersuchungskommission feststellte.
Im Jahre 1584 erwarb Helmhart Jörger, der schon die Herrschaft Pernstein besaß, die Herrschaft Scharnstein als freies Eigen vom Kaiser. Während seiner 10–jährigen Herrschaft begründete er in Scharnstein die Sensenerzeugung, baute das Schloss zu einem prächtigen Renaissancebau aus, errichtet eine Taverne und arrondierte die Herrschaft zu einem geschlossenen Besitz. Obwohl er selbst evangelisch war und Luther verehrte, unterhielt er ein gutes Verhältnis zum Stift Kremsmünster, seinem unmittelbaren Grundnachbarn.
Nach Helmharts Tod 1594 erbte sein älterer Sohn Georg Wilhelm die Herrschaft. Ihm folgte Jahre später der jüngere Sohn Karl.
Karl wurde als eifriger Protestant Anführer eines Aufstandes des niedrigen Adels gegen den Kaiser, der Aufstand wurde von den Kaiserlichen niedergeschlagen. Karl wurde verhaftet und starb in Gefangenschaft auf der Festung Oberhaus bei Passau. Sein Besitz wurde eingezogen und großteils verkauft. Im Jahre 1624 kaufte das Stift Kremsmünster weite Teile der Herrschaft Scharnstein mit der Burg und dem Schloss.
Die Burgruine Scharnstein ist mit ihrem Umfeld bis heute im Besitz des Stiiftes Kremsmünster.